주민참여예산제 운영 조직은 크게 3단계로 나누어져 있는데 읍면동별로 구성되어 지역의 현안사업을 발굴하고 예산에 반영하는 일을 하는 ‘지역회의’와 지역회의에서 제출된 사업예산들을 조정하는 행정시별로 구성된 ‘조정협의회’가 있다. 마지막으로 조정협의회에서 제출한 사업예산에 대해 최종적으로 결정하는 제주특별자치도 소속의 ‘주민참여예산 위원회’가 있는데 3단계의 조직에 참여하는 인원수만하더라도 도 전체적으로 2,000여명이 된다.
시행 첫 해인 지난해에는 나눠먹기식 분배와 획일적 재원배분에 따른 예산편성의 탄력성과 효율성을 저하한다는 비판이 제기되었다. 그래서 이러한 문제점 보완을 위해 올해부터는 예산 가이드라인에 부적합하게 선정된 사업인 경우 객관적 평가기준을 적용해 사업비를 반영하지 않기로 하고, 삭감된 재원은 우수 읍면동에 대해서 인센티브로 부여키로 했다. 그리고, 지역별 특성을 반영한 사업발굴을 위해 읍면동 자체 워크숍 개최 등 교육을 강화했다.
이렇게 하여 각 읍면동에서 제출된 사업은 취지의 적합성, 사업의 공공성, 내용의 창조성, 효과성, 타당성을 기준으로 심사한 후 선정하게 된다. 성공적인 주민참여예산제가 되기 위해서는 행정은 정보를 투명하게 주민들과 공유해야 할 것이고, 지역 주민은 스스로 관심을 갖고 적극적으로 참여하여 자신의 혈세를 감시하고 이해와 요구를 실현해 나가야 할 것이다. 각 지역에서 어떤 사업이 필요하고 시급한지는 누구보다도 그 지역의 주민들이 가장 잘 인지하고 있을 것이다. 주민참여예산을 잘 활용한다면 주민 스스로의 힘으로 지역의 문제점을 해결하고 개선해 나갈 수 있을 것이다.